Setelah Naruto kembali ke desa Konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi dan Sakura, kemudian setelah Naruto melihat-lihat di sekitar desa Konoha, Kakashi kembali menguji Naruto dan Sakura untuk mengetahui bagaimana perkembangan mereka saat ini. Ujiannya hampir sama dengan ujian ketika Naruto baru saja menjadi Genin. Hanya saja kali ini Kakashi serius dan bahkan menggunakan Sharingan. Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat dan cepat, dan ditambah lagi Kakashi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan sesuatu pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus pada ujian itu sekali lagi.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi kelas S untuk menolong Gaara, sang Kazekage sekaligus sahabat Naruto, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu Tim 9 pimpinan Guru Gai mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.
Sasori yang merupakan cucu dari Chiyo dengan senang hati melawan neneknya. Chiyo dan Sakura lalu melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan hiruko luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut. Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Shirohigi:Jikkichikamatsu no Shuu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka (Akahigi:Hyakki no Souen). Setelah pertarungan dahsyat, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya. Dia terbunuh oleh boneka yang ternyata adalah replika kedua orangtuanya sendiri.
Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul Deidara setelah Kakashi menggunakan Mangekyou Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dialihkan perhatiannya sesaat oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya untuk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara rei .
